突如、謎の敵から攻撃を受けたウルトラマンたちの故郷・M78星雲「光の国」。
若き戦士ウルトラマンゼロは自分の力への慢心から思わぬピンチに陥ってしまう。
父親であるウルトラセブンの加勢によりからくも窮地を救われたウルトラマンゼロは、おのれの油断を戒めるため、敵の実態を探る任務に単身志願する。未知の宇宙空間へとひとり旅立つゼロに、セブンは万能アイテム「ウルトラゼロブレスレット」を授けるのだった。苦難の旅路の果てでたどりついたとある惑星で、ゼロは巨大なロボット兵団に蹂躙される人々を救うため瀕死の重傷を負った青年「ラン」とその弟「ナオ」と出会う。その勇気に共感したウルトラマンゼロはランと一体化し、人間体としてのランの姿を借りることでその命を救う。やがて惑星エスメラルダの王女「エメラナ姫」との出会いを通じて、ゼロは敵軍団の正体を知ることとなる・・・
謎の敵軍団の黒幕は 「銀河皇帝カイザーベリアル」！
ウルトラ戦士たちに倒された邪悪なウルトラマンベリアルが復活し、強大な銀河帝国を築いて宇宙制覇へと乗り出していたのだ！
ランと一心同体となったゼロは、カイザーベリアルの野望をくだくため、ナオ、エメラナ姫とともに、宇宙船「ジャンバード」で大宇宙へと飛び立つ！ベリアル銀河帝国との戦いに挑むウルトラマンゼロと仲間たちを待ち受けるものとは・・・?
